ارکان مرکز عبارتند از:

۱. هیأت امنا

۲. رئیس مرکز

۳. هیأت رئیسه

۴- شورای مرکز

- ترکیب هیأت امنا

۱- رئیس سازمان اداری و استخدامی کشور یا نماینده وی (رئیس هیأت امنا)

۲- رئیس سازمان برنامه و بودجه کشور

۳- وزیر علوم، تحقیقات و فنآوری یا نماینده وی

۴- وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی یا نماینده وی

۵- رئیس مرکز (دبیر هیأت امنا)

۶- دو تا چهار تن از شخصیت های علمی-فرهنگی کشور که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت "مرکز" داشته باشند.

- شورای مرکز

- تعریف شورای مرکز:

شورای مرکز دومین رکن سیاستگذار بعد از هیأت امنا می باشد که به تنظیم سیاست ها و برنامه های جاری "مرکز" بر اساس سیاست های کلان مصوب در هیأت امنا و سیاست های "وزارت" و سایر مراجع ذیصلاح     می پردازد.

- ترکیب شورای "مرکز":

۱- اعضای هیأت رئیسه "مرکز"

۲- دو تن از اعضای هیأت علمی هر یک از شوراهای تخصصی (آموزشی، پژوهشی و فنآوری و...) به انتخاب شورای مربوط و دارای صلاحیت های عمومی مندرج در آیین نامه جامع مدیریت دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی، پژوهشی و فنآوری با تأیید "سازمان" و حکم رئیس "مرکز"

۳- دو تن از اعضای هیأت علمی در مرتبه علمی حداقل دانشیار و دارای صلاحیتهای عمومی مندرج در

آیین نامه جامع مدیریت دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی، پژوهشی و فنآوری با انتخاب و حکم رئیس "مرکز" و تأیید "سازمان"

تبصره ۱- رئیس "مرکز" می تواند در مورد مسایل خاص از افراد ذیصلاح و سایر مدیران حسب مورد به منظور شرکت در جلسات شورا (بدون حق رأی) دعوت نماید.

تبصره ۲- مدت عضویت اعضای حقیقی شورای مرکز دو سال می باشد.

تبصره ۳- ریاست شورا به عهده رئیس "مرکز" است. شورا دارای نایب رئیس می باشد که از میان اعضای شورا با انتخاب و حکم رئیس "مرکز" منصوب می گردد.

تبصره ۴- ابلاغ مصوبات شورا و مکاتبات مربوط از طریق شورا انجام می پذیرد.